Para realizar o treinamento, o usuário deverá entrar em contato com o laboratório e agendar uma data através do e-mail confocal@fmrp.usp.br.
Neste treinamento, o usuário receberá informações práticas de como utilizar o microscópio e o software. Depois deste dia de treinamento, quando o usuário retornar com suas amostras, ele será acompanhado pela técnica até estar utilizando o equipamento adequadamente, quando será liberado para utilizá-lo sozinho.
O treinamento não é obrigatório mas é recomendado para quem pretende utilizar o microscópio por bastante tempo ou aqueles que trabalham com amostras in vivo ou que podem perdê-las caso haja algum imprevisto na data marcada.